Początki starań o budowę nowego kościoła sięgają roku 1989. W kronice parafii św Mikołaja zapisano: „W związku z terminem zatwierdzenia planu rozbudowy Hrubieszowa parafia na zebraniu Urzędu Miasta potwierdziła zamiar budowy nowego kościoła parafialnego dla osiedla przy ulicy Basaja. Plac przy ulicy Polnej jest zarezerwowany, zgłosiła również chęć budowy kaplicy przy głównej bramie cmentarza grzebalnego”. Początek budowy wstępnie zaplanowano na lata 1990-1991. Zmiany na stanowisku proboszczów w parafii św. Mikołaja (w 1992 r. z parafii odchodzi ks. Edward Kłopotek, na jego miejsce przychodzi ks. Marian Goral, który po rocznym pobycie przechodzi do archidiecezji lubelskiej) spowodowały, że decyzja o rozpoczęciu budowy opóźniła się do r. 1995. Ks. Kazimierz Gawlik podejmuje się budowy nowego kościoła. Zrezygnowano z początkowej lokalizacji kościoła przy ulicy Polnej na rzecz ul. Nowej. W tym czasie zaczęto gromadzić fundusze, myślano nawet o sprzedaniu tzw. starej plebani, aby pozyskać środki na budowę kościoła.
23 IV 1998 r. bp Jan Śrutwa dokonał uroczystego poświęcenia placu pod budowę. Prace przy fundamentach trwały 4 miesiące, a podjęła się ich grupa murarzy pod przewodnictwem Józefa Krawca i nadzorem Jana Zderkiewicza. Najpierw zbudowano kościół o powierzchni 670 m2, a następnie kaplicę pogrzebową o powierzchni 270 m2, oraz część administracyjną 330 m2. Budową murów zajęło się Państwowe Przedsiębiorstwo Budownictwa Rolniczego pod kierownictwem Witolda Przybysza i dalszym nadzorem Jana Zderkiewicza. Dzięki ofiarności wiernych prace posuwały się bardzo szybko. W ciągu trzech lat postawiono wszystkie budynki w stanie surowym. Kościół nie nakryty z zamontowanymi oknami bez oszklenia, kaplica i część administracyjna stan częściowo zamknięty. Pozwoliło to na powołanie do istnienia nowej parafii pod wezwaniem Ducha Świętego w Hrubieszowie mocą dekretu bpa Jan Śrutwy z dnia 15 VI 2001 r.
Pierwszym proboszczem został ks. Wiktor Koziński, który poprzez 10-letnią pracę doprowadził do uroczystej konsekracji kościoła 6 XI 2011 r., której dokonał bp Wacław Depo.
